本校於民國十年(大正10年）四月初創立，名為 「臺灣公立飛沙公學校」，校址設在頂飛沙。時為 「飛砂」，翌年才改為「飛沙」（臺南州報號外大正10年4月25日告示第31號）
民國十一年七月由舊校址頂飛沙遷入現在的校址。
民國三十年 （昭和16年）四月更名為「臺灣公立臺南州飛沙國民學校」（臺南州報第2121號昭和16年4月1日告示第370號）。
民國三十四年台灣光復改稱 「臺南縣四湖鄉第二國民學校」。
民國三十九年十月因行政區域變更，分轄雲林縣，更名為 「雲林縣四湖鄉飛沙國民學校」。
民國五十九年九月奉令改為 「雲林縣四湖鄉飛沙國民小學」。